Hauptberuflich koordinierte Dr. Jürg B. Altorfer die Veranlagungspraxis in den Bereichen Selbständigerwerbende und juristische Personen, Vermögensertrag und verbundene Aktionäre im Kantonalen Steueramt Zürich.

Daneben wirkte er während langer Zeit als Präsident der Arbeitsgruppe Unternehmenssteuern der Schweizerischen Steuerkonferenz (SSK) auch national in der Gesetzgebung und bei Praxisfestlegungen mit und übte für die Konferenz der kantonalen Finanzdirektorinnen und Finanzdirektoren (FDK) Mandate in Fragen der nationalen und internationalen Unternehmensbesteuerung aus. Schliesslich wirkte Dr. Jürg B. Altorfer als Präsident der Fachgruppe Qualitätssicherung in konzeptionellen Fragen und bei der Gestaltung und Umsetzung des Datenmanagements bei der Neugestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgabenverteilung zwischen Bund und Kantonen (NFA) mit.

Dr. Jürg B. Altorfer bestritt als Dozent zahlreiche Seminare, Aus- und Weiterbildungs-veranstaltungen am Institut für Schweizerisches und Internationales Steuerrecht (ISIS), wo er auch Mitglied der Institutsleitung war, am Schweizerischen Institut für Steuerlehre (SIST), bei der International Fiscal Association (IFA), bei der Schweizerischen Steuerkonferenz (SSK) sowie bei den Lehrgängen zum diplomierten Steuerexperten (EXPERTsuisse) und der Universität Zürich für den LL.M./CAS International Tax Law. Bis Ende 2008 präsidierte er die Klausurkommission für die Steuerexpertenprüfung.  Aktuell unterstützt er noch Unternehmen als Fachbeirat für Struktur-, Finanz- und Fiskalfragen.